Clínic Barcelona

Susana Kalko explica la importancia de la Bioinformática en un Seminario de las Plataformas IDIBAPS

La Dra. Susana Kalko protagonizó el 15 de enero un Seminario de las Plataformas IDIBAPS en el que explicó los servicios que ofrece la Plataforma de Bioinformática, así como los retos que afronta. Esta Plataforma se dedica principalmente al análisis y soporte en la interpretación de los datos procedentes de distintas disciplinas "ómicas”, tales como Genómica, Transcriptomica, Proteómica y Metabolómica. Con una larga experiencia, esta Plataforma es un apoyo importante para numerosos proyectos de investigación.

La comprensión de la biología de las enfermedades ha avanzado enormemente desde la profusa aplicación de estas disciplinas en la era post-genomica. Es ampliamente reconocido que el funcionamiento real de un sistema se puede explicar por la actividad de todos los componentes juntos con sus interrelaciones, y su relación con el entorno, y no simplemente por la suma de los genes, proteínas o metabolitos. La integración de los datos procedentes de estos campos requiere grandes esfuerzos en el desarrollo de los lenguajes comunes, herramientas, y bases de datos específicas y globales. Para la integración de datos “omics” es necesaria una nueva concepción de científicos (o equipos de científicos) con un conocimiento práctico de los diferentes enfoques post-genómicos, fisiopatología de la enfermedad y de la modelización bioinformática.

La plataforma que lidera la Dra. Susana Kalko lleva muchos años acumulando experiencia en estudios de expresión diferencial en todas las disciplinas "ómicas" (aunque la mayoría son de transcriptómica –microarrays), y muchas publicaciones así lo reflejan. Estos estudios suelen tener dos grandes desafíos: la alta dimensionalidad, y normalmente el pequeño tamaño de la muestra, por lo que es imprescindible disponer de herramientas sofisticadas con metodologías estadísticas muy complejas para extraer información y conocimiento.

Una de las principales necesidades actuales de la Plataforma de Bioinformática es la combinación de datos complejos “omics” en el marco de la biología de sistemas. Utilizan para ello una gran cantidad de herramientas, basadas principalmente en principios de interacciones físicas o funcionales, y derivan redes (networks) biológicas que proveen un mayor conocimiento de los procesos funcionales básicos asociados a las patologías (especialmente importante en el caso de enfermedades complejas tales como la diabetes, EPOC o coronarias). Se generan así nuevas vías de exploración y nuevas perspectivas en los proyectos de investigación.