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Las cardiopatías congénitas requieren un seguimiento estrecho por parte del cardiólogo durante toda la vida del paciente ya que pueden quedar lesiones o disfunciones que, con el paso del tiempo, pueden evolucionar, pueden aparecer nuevas lesiones o complicaciones y las propias correcciones realizadas con anterioridad pueden requerir reintervenciones en el futuro.
Se deben evitar complicaciones como las arritmias, los fenómenos tromboembólicos y el deterioro de la función cardíaca y del resto de órgano.
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